TY - JOUR ID - 10.3969/j.issn.1674-3806.2020.01.10 TI - DGKZ基因沉默条件下人骨肉瘤细胞芯片的生物信息学分析 AU - 童 也,许 斌,刘晓伟 VL - 13 IS - 1 PB - SP - 42 EP - 47 PY - JF - 中国临床新医学 JA - UR - http://www.zglcxyxzz.com/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20200110&flag=1 KW - 骨肉瘤;生物信息学;二酰甘油激酶ζ;GEO数据库 KW - Osteosarcoma;Bioinformatics;Diacylglycerol kinase zeta (DGKZ);Gene Expression Omnibus(GEO) database AB - [摘要] 目的 基于生物信息学方法分析二酰甘油激酶ζ(diacylglycerol kinase zeta,DGKZ)基因沉默的人骨肉瘤细胞芯片并探寻其分子机制。方法 从GEO数据库中获取人骨肉瘤细胞芯片,在R软件中筛选DGKZ沉默处理组与对照组的差异基因(differential expression genes,DEGs);DEGs提交至DAVID数据库进行基因功能与通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因并预测其转录因子。结果 共筛选出368个DEGs,其中包含105个上调的基因与263个下调的基因。GO富集分析结果表明DEGs主要富集的生物学过程有成骨细胞分化的负调控、血管生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、脂肪细胞分化的正调控、细胞周期和Wnt信号通路;KEGG通路富集分析结果表明DEGs主要涉及的通路有TGF-β信号转导通路、癌症通路、胰腺癌、致癌病毒、MAPK信号转导通路以及代谢通路。经STRING数据库与Cytoscape软件找出度值前10的核心基因有SIRT1、EP300、PTGS2、BMP2、HIF1A、RB1、HIST1H2BO、NT5E、H1F0、HIST1H2AC,核心基因通过iRegulon插件预测的转录因子中标准化富集分数最高的是YY1。结论 在DGKZ基因沉默条件下,转录因子YY1及相关靶基因能在骨肉瘤中发挥重要作用。 ER -